En un mundo donde los Pokémon viven y se comunican entre sí, existen tesoros míticos conocidos como los Engranajes del Tiempo, que regulan el flujo temporal en sus respectivas áreas. Si uno es retirado de su lugar, el tiempo se congelará en esa zona, por lo que ni siquiera los Pokémon malvados se atreven a robarlos. Pero recientemente, han aparecido anomalías temporales por toda la tierra, provoca

En un mundo donde los Pokémon viven y se comunican entre sí, existen tesoros míticos conocidos como los Engranajes del Tiempo, que regulan el flujo temporal en sus respectivas áreas. Si uno es retirado de su lugar, el tiempo se congelará en esa zona, por lo que ni siquiera los Pokémon malvados se atreven a robarlos. Pero recientemente, han aparecido anomalías temporales por toda la tierra, provocando la aparición de Misteriosas Mazmorras y Pokémon violentos. Se han formado equipos de exploración Pokémon para explorar estas Misteriosas Mazmorras, arrestar a los Pokémon violentos y ayudar a mantener la paz. Resulta que las anomalías temporales no han sido causadas por la reciente desaparición de los Engranajes del Tiempo, sino por el lento desmoronamiento de la Torre Temporal y la corrupción de Dialga en Dark Dialga. El recién infame ladrón Juptile había robado los Engranajes del Tiempo para llevarlos a la Torre Temporal y detener su deterioro. El equipo de exploración Pokémon, Team Pokédans—que está formado por Hikozaru y un Pochama que una vez fue humano—, debe unirse a Juptile para ir a la Tierra Fantasma, donde se encuentra la Torre Temporal. Si el trío falla, la Torre Temporal colapsará por completo, dejando al mundo entero congelado en el tiempo para siempre...