Sinopsis

Mientras continúan su viaje por la región de Johto, Satoshi y sus amigos visitan Altomare, una ciudad insular que organiza un evento anual de carreras llamado la Carrera Acuática Pokémon. Mientras Takeshi y Kasumi se divierten, le suceden cosas extrañas a Satoshi: de alguna manera pierde la carrera acuática, ve a unas mujeres atacar a una chica con sus Pokémon y, a pesar de que la salvan, ¡la chica más tarde niega haber visto a Satoshi y Pikachu antes! Afortunadamente para Satoshi, su confusión se disipa al enterarse de que la chica a la que él y Pikachu salvaron anteriormente era en realidad un Pokémon llamado Latias, a quien le gusta disfrazarse de su amiga humana, Kanon. Latias y otro Pokémon, Latios, son conocidos como los Pokémon Eón, ya que habitan y protegen Altomare junto con una esfera azul mística llamada Rocío del Alma. Una antigua leyenda de Altomare está muy conectada con los Pokémon Eón y el Rocío del Alma, y es bien conocida entre los lugareños, así como entre las asaltantes anteriores de Latias, las hermanas ladronas Zanner y Lyon. Mientras las ladronas intentan capturar tanto a los Pokémon Eón como al Rocío del Alma, Satoshi se ve obligado a actuar para evitar que traigan el desastre a Altomare.