El Cometa del Milenio está a punto de reaparecer en el cielo tras mucho tiempo, supuestamente concediendo los deseos de todos aquellos que lo vean. Por supuesto, Satoshi y sus amigos también están interesados en el Festival del Milenio, especialmente cuando asisten a un espectáculo de magia del Gran Mayordomo. Aún más interesante es el misterioso capullo que tiene el Mayordomo, ¡del cual Masato es

El Cometa del Milenio está a punto de reaparecer en el cielo tras mucho tiempo, supuestamente concediendo los deseos de todos aquellos que lo vean. Por supuesto, Satoshi y sus amigos también están interesados en el Festival del Milenio, especialmente cuando asisten a un espectáculo de magia del Gran Mayordomo. Aún más interesante es el misterioso capullo que tiene el Mayordomo, ¡del cual Masato escucha una voz misteriosa llamándolo! Cuando Jirachi emerge de su letargo, Masato tiene un nuevo amigo, pero tristemente, solo será por los pocos días que el Cometa del Milenio aparezca en el cielo. Masato está ansioso por aprovechar al máximo su tiempo con su nuevo amigo, pero el Gran Mayordomo tiene sus propios planes para Jirachi, planes que no son tan amigables. Él quiere revivir al legendario Groudon, y Jirachi podría ser capaz de conceder ese deseo. ¿Podrán Masato, Satoshi, Haruka y Takeshi detener al Mayordomo y salvar a Jirachi antes de que Groudon reaparezca para sembrar la destrucción sobre la tierra?