Sinopsis

Serebii, un Pokémon legendario conocido por su habilidad para viajar en el tiempo, es cazado por un furtivo de Pokémon sin nombre que busca capturarlo. Yukinari, un joven entrenador Pokémon que disfruta dibujando retratos de Pokémon, intenta proteger a Serebii después de que este se cruza en su camino; pero en medio de su huida, ambos desaparecen sin dejar rastro. Cuarenta años después, el ambicioso entrenador Pokémon Satoshi espera avistar Pokémon raros en su área local. White, un capitán de barco, lleva a Satoshi a su pueblo. A Satoshi lo acompañan sus tres amigos más cercanos: Takeshi, un antiguo líder de gimnasio que entrena para ser un gran criador Pokémon; Kasumi, una joven que desea convertirse en una hábil entrenadora de tipo Agua; y Pikachu, el compañero Pokémon de Satoshi y su primer camarada. Mientras tanto, Yukinari y Serebii reaparecen en el tiempo presente de Satoshi y se encuentran con su grupo. Lord Vicious Enmascarado, el miembro del personal ejecutivo más fuerte del Team Rocket, desea capturar a Serebii. Usando la Dark Ball, una variante de la Monster Ball que corrompe al Pokémon atrapado en su interior y extrae su máximo poder, Vicious puede transformar Pokémon inocentes en obstáculos poderosos y aterradores, ¡incluido el propio Serebii! Colocados en una situación difícil, Satoshi, Yukinari y sus amigos deben trabajar juntos para derrotar a Vicious y salvar a Serebii y a sí mismos.