Se creó un mundo virtual, el "Mundo Digital", por la red actual. Nacieron los "Digital Monster", seres de vida digital, y la computadora anfitriona Yggdrasil administraba las diferentes áreas del Mundo Digital. Sin embargo, Yggdrasil desarrolló el Programa X, lleno de temor, para eliminar a todos los Digimon del mundo antiguo y desarrollar un nuevo Mundo Digital solo para ciertos Digimon... Ahora,

Se creó un mundo virtual, el "Mundo Digital", por la red actual. Nacieron los "Digital Monster", seres de vida digital, y la computadora anfitriona Yggdrasil administraba las diferentes áreas del Mundo Digital. Sin embargo, Yggdrasil desarrolló el Programa X, lleno de temor, para eliminar a todos los Digimon del mundo antiguo y desarrollar un nuevo Mundo Digital solo para ciertos Digimon... Ahora, la mayor crisis jamás vista se cierne sobre el Mundo Digital. Los X-Digimon, un nuevo tipo de Digital Monster, son cazados por los Royal Knights, quienes protegen los Mundos Digitales. Su maestro, Yggdrasil, el supervisor de la red, busca poner en marcha el Proyecto Ark para renovar los Mundos Digitales y crear nuevos Digimon, pero a costa de toda la demás vida digital. Estos nuevos X-Digimon buscarán las respuestas a su propia existencia mientras intentan proteger la vida de todos los Digimon, y en el proceso, cambiarán los Mundos Digitales para siempre.