Taichi Yagami y sus amigos han pasado a la secundaria, pero para entonces, han perdido el contacto con sus compañeros Digimon. Por lo tanto, Taichi se sorprende al recibir repentinamente una llamada de auxilio que lo convoca al Mundo Digital. Una vez allí, descubre que los Digimon viven atemorizados por el misterioso Digimon Emperor, ¡quien de alguna manera está suprimiendo su habilidad para Digie

Taichi Yagami y sus amigos han pasado a la secundaria, pero para entonces, han perdido el contacto con sus compañeros Digimon. Por lo tanto, Taichi se sorprende al recibir repentinamente una llamada de auxilio que lo convoca al Mundo Digital. Una vez allí, descubre que los Digimon viven atemorizados por el misterioso Digimon Emperor, ¡quien de alguna manera está suprimiendo su habilidad para Digievolucionar! En el mundo real, Hikari Yagami y Takeru Takaishi se reúnen en la misma clase de quinto grado. Comparten tres compañeros de escuela: Daisuke Motomiya, quien les recuerda a ambos a Taichi; Miyako Inoue, una genio técnica; e Iori Hida, vecina de Miyako. Cuando estos tres niños reciben Digivices "D-3", ellos, junto con Hikari y Takeru, que aún conservan sus propios Digivices originales, forman la nueva generación de "Niños Elegidos" que deben salvar el mundo una vez más. Con el poder de los Digi-Huevos Blindados, deben frustrar los planes del Digimon Emperor para extender su influencia sobre todo el Mundo Digital.