Tras los eventos de 02, todo está volviendo a la normalidad. Eso es, hasta que un ícono extrañamente familiar comienza a aparecer en los sistemas informáticos de todo Japón. Y no solo en sistemas informáticos... televisores, teléfonos móviles, videojuegos; cualquier cosa con una pantalla con capacidades en línea. Y este ícono parece estar buscando a alguien... Yagami Taichi e Ishida Yamato, quiene

Tras los eventos de 02, todo está volviendo a la normalidad. Eso es, hasta que un ícono extrañamente familiar comienza a aparecer en los sistemas informáticos de todo Japón. Y no solo en sistemas informáticos... televisores, teléfonos móviles, videojuegos; cualquier cosa con una pantalla con capacidades en línea. Y este ícono parece estar buscando a alguien... Yagami Taichi e Ishida Yamato, quienes lo derrotaron varios años antes. Sí, resulta que este Digimon medusa es, de hecho, Diablomon, el Digimon de tipo Virus que fue derrotado en la segunda película. Pero esta vez, ha aprendido a hacerse físico y está enviando miles de copias de sí mismo al mundo real. Koushiro y Ken idean un plan para librar al mundo del virus de una vez por todas, pero necesitarán la ayuda de todos los Elegidos, pasados y presentes. Una vez más, es una carrera contra el tiempo para detener el plan de Diablomon... pero incluso eso está envuelto en sombras. ¿Será suficiente el resurgimiento de Omegamon para detener a Diablomon por segunda vez, o las millones de copias demostrarán ser un impulso de poder suficiente para sacudirse al "Campeón de la Justicia Digimon"? Por supuesto, no ha visto la nueva generación de Elegidos, ni las nuevas técnicas. Es una lucha hasta el final, con la destrucción de Tokio en juego.