Los Niños Elegidos están en shock tras la traición de Meicoomon, el monstruo digital que se había unido recientemente a su grupo junto a su compañera humana, Meiko Mochizuki. Koushirou Izumi está decidido a diagnosticar la infección que tomó el control de Meicoomon. Mientras tanto, Takeru Takaishi se da cuenta de que su propio compañero, Patamon, está empezando a mostrar síntomas alarmantes simila

Los Niños Elegidos están en shock tras la traición de Meicoomon, el monstruo digital que se había unido recientemente a su grupo junto a su compañera humana, Meiko Mochizuki. Koushirou Izumi está decidido a diagnosticar la infección que tomó el control de Meicoomon. Mientras tanto, Takeru Takaishi se da cuenta de que su propio compañero, Patamon, está empezando a mostrar síntomas alarmantes similares a los de otros Digimon infectados, como Meicoomon. Justo entonces, los Niños Elegidos reciben un mensaje de la misteriosa entidad Homeostasis, quien les informa que su mundo está en peligro de destrucción total, al igual que el Mundo Digital, el hogar de los Digimon. Homeostasis planea llevar a cabo un "Reboot", que reiniciará todos los datos que componen el Mundo Digital y erradicará la infección. Sin embargo, el Reboot también borrará los recuerdos de todos los Digimon, incluyendo a los compañeros de los Niños. ¿Podrán los Niños Elegidos detener a Meicoomon antes de que el Reboot sea necesario, o este es el fin de su tiempo juntos con sus Digimon?