Mientras la temporada de otoño se acerca a su fin, Chidori Yoshino, miembro de Strega, secuestra a Junpei Iori. Mientras tanto, Makoto Yuuki y el Specialized Extracurricular Execution Squad (SEES) aniquilan al Arcana Hanged Man. Poco después, un misterioso playboy llamado Ryouji Mochizuki se transfiere a la clase 2-F de la escuela secundaria Gekkoukan. Supuestamente habiendo alcanzado su objetivo

Mientras la temporada de otoño se acerca a su fin, Chidori Yoshino, miembro de Strega, secuestra a Junpei Iori. Mientras tanto, Makoto Yuuki y el Specialized Extracurricular Execution Squad (SEES) aniquilan al Arcana Hanged Man. Poco después, un misterioso playboy llamado Ryouji Mochizuki se transfiere a la clase 2-F de la escuela secundaria Gekkoukan. Supuestamente habiendo alcanzado su objetivo, los miembros de SEES creen que están libres de la batalla que les ha arrebatado brutalmente las vidas de sus seres queridos. Y sin embargo, Tartarus y la Dark Hour continúan existiendo, imperturbables por la exterminación de la duodécima Shadow. Atormentados por su aparente fracaso, SEES debe lidiar con sus luchas personales y descubrir por quién luchan. A medida que los viajes de autodescubrimiento de Makoto y Junpei progresan, la identidad de Ryouji y la razón detrás del odio de Aegis hacia él se vuelven claras.