Ren Amamiya, un nuevo estudiante transferido a la Academia Shujin, es enviado a Tokio para vivir con su amigo de la familia, Sojiro Sakura, después de ser puesto injustamente en libertad condicional por defender a una mujer de un asalto sexual. De camino a su primer día en su nueva escuela, Ren nota que una extraña aplicación ha aparecido en su teléfono, transfiriéndolo a un mundo conocido como el

Ren Amamiya, un nuevo estudiante transferido a la Academia Shujin, es enviado a Tokio para vivir con su amigo de la familia, Sojiro Sakura, después de ser puesto injustamente en libertad condicional por defender a una mujer de un asalto sexual. De camino a su primer día en su nueva escuela, Ren nota que una extraña aplicación ha aparecido en su teléfono, transfiriéndolo a un mundo conocido como el Metaverso, que contiene las "sombras" de las personas: representaciones distorsionadas de sus verdaderos yo. En el Metaverso, él despierta su Persona, un poder que surge de lo profundo de su ser y le da la fuerza para luchar contra las sombras. Con la ayuda de estudiantes con problemas similares, forma los Phantom Thieves of Hearts, intentando salvar a las personas de sus deseos pecaminosos al "robar sus corazones", haciendo que los malhechores se arrepientan de sus acciones y cambien su camino. La reputación del grupo continúa creciendo explosivamente, atrayendo fama tanto positiva como negativa. Sin embargo, en el apogeo de su popularidad, Ren es capturado y llevado bajo custodia. Allí, despierta ante un duro interrogatorio, pero este se ve interrumpido por la llegada de Sae Niijima, una fiscal que busca respuestas. ¿Cómo reaccionará ante su historia y qué será de los Phantom Thieves?