Al dar la medianoche, aparece la Hora Oscura, una hora secreta de la que la mayoría ignora su existencia. Aquellos que no son atrapados en ataúdes durante este tiempo, y que tienen la desgracia de encontrarse conscientes, son asaltados por peligrosas criaturas conocidas como Sombras. Un selecto grupo, sin embargo, posee el potencial de invocar a sus Personas: un poder especial usado para derrotar

Al dar la medianoche, aparece la Hora Oscura, una hora secreta de la que la mayoría ignora su existencia. Aquellos que no son atrapados en ataúdes durante este tiempo, y que tienen la desgracia de encontrarse conscientes, son asaltados por peligrosas criaturas conocidas como Sombras. Un selecto grupo, sin embargo, posee el potencial de invocar a sus Personas: un poder especial usado para derrotar a estos seres. Este grupo secreto se llama SEES (Specialized Extracurricular Execution Squad), y su misión es descubrir la razón detrás de la aparición de la Hora Oscura. Poco después de que el estudiante transferido Makoto Yuuki comienza su residencia en el Dormitorio Iwatodai, su Persona despierta tras un ataque de una poderosa Sombra. Ahora reclutado en las filas de SEES, comienza a luchar junto a sus compañeros, ya que solo ellos pueden proteger a la humanidad de las Sombras y prevenir la anomalía que es la Hora Oscura.