Mientras la estación cambia de primavera a verano, Makoto Yuuki permanece junto al Escuadrón Especial de Ejecución Extracurricular (SEES). El equipo continúa derrotando Sombras grandes y pequeñas, pero ahora se enfrentan a un nuevo enemigo: Strega, un grupo de usuarios de Personas renegados que desean mantener la Hora Oscura a su favor; parece que Strega podría tener una pista sobre la verdadera n

Mientras la estación cambia de primavera a verano, Makoto Yuuki permanece junto al Escuadrón Especial de Ejecución Extracurricular (SEES). El equipo continúa derrotando Sombras grandes y pequeñas, pero ahora se enfrentan a un nuevo enemigo: Strega, un grupo de usuarios de Personas renegados que desean mantener la Hora Oscura a su favor; parece que Strega podría tener una pista sobre la verdadera naturaleza de la Hora Oscura. Mientras el SEES disfruta de sus vacaciones de verano en Yakushima, se les une Aegis, una androide amnésica diseñada para destruir Sombras. Aunque demuestra ser una aliada poderosa, se siente inexplicablemente atraída por Makoto y permanece constantemente a su lado. A medida que profundizan en los misterios de la Hora Oscura, la naturaleza de la misteriosa conexión que une a estos dos se revela lentamente.