Ambientada entre los eventos de Free!: Eternal Summer y Free!: Dive to the Future, Free!: Take Your Marks narra el último verano de los estudiantes que se gradúan a través de cuatro historias diferentes antes de que zarpen hacia el futuro. Unmei no Choice! (La elección del destino!) sigue a Haruka Nanase y Makoto Tachibana mientras buscan un nuevo apartamento para Haruka, quien se instala en Toki

Ambientada entre los eventos de Free!: Eternal Summer y Free!: Dive to the Future, Free!: Take Your Marks narra el último verano de los estudiantes que se gradúan a través de cuatro historias diferentes antes de que zarpen hacia el futuro. Unmei no Choice! (La elección del destino!) sigue a Haruka Nanase y Makoto Tachibana mientras buscan un nuevo apartamento para Haruka, quien se instala en Tokio. Hitou no Cooling Down! (Refréscate en las aguas termales secretas!) ve a Aiichiro Nitori elegir un regalo de graduación para Rin Matsuoka y Sousuke Yamazaki, mientras Momotaro Mikoshiba gana entradas para las Aguas Termales Anago. Con la esperanza de un viaje juntos, Aiichiro y Momotaro invitan a Rin y Sousuke. Kessoku no Batafurai! (Mariposa Unida!) muestra a Rei Ryugazaki, Nagisa Hazuki y Gou Matsuoka creando un video de reclutamiento para atraer nuevos miembros al club para el próximo año escolar. Tabidachi no Etanaru Buru! (Eterno Azul de la Partida!) investiga los planes de los equipos de natación de Iwatobi y Samezuka para la fiesta sorpresa de despedida de Rin, ya que pronto partirá a Australia. [Escrito por MAL Rewrite]