Ha pasado un siglo desde que la "verdadera magia", que al principio se creía simple folclore y leyenda, se convirtió en una tecnología común en todo el mundo. La Academia Secundaria Afiliada a la Primera Universidad Nacional de Magia (First High), una de las nueve academias de magia de Japón, admite a dos talentosos hermanos: Miyuki y Tatsuya Shiba. First High divide a sus estudiantes en dos grupo

Ha pasado un siglo desde que la "verdadera magia", que al principio se creía simple folclore y leyenda, se convirtió en una tecnología común en todo el mundo. La Academia Secundaria Afiliada a la Primera Universidad Nacional de Magia (First High), una de las nueve academias de magia de Japón, admite a dos talentosos hermanos: Miyuki y Tatsuya Shiba. First High divide a sus estudiantes en dos grupos, Curso 1 y Curso 2, basándose en las calificaciones del examen de admisión. Esto provoca un aparente desprecio por los estudiantes del Curso 2, ya que los estudiantes del Curso 1 los etiquetan como "Malas Hierbas", mientras que ellos mismos se autodenominan "Flores". Tatsuya es admitido en el Curso 2, mientras que su hermana Miyuki se une al Curso 1 como estudiante de honor. Miyuki desea demostrarle a First High que, a pesar de que su hermano es etiquetado como inepto, él es uno de los mejores magos del mundo. Mahouka Koukou no Yuutousei narra la historia de Mahouka Koukou no Rettousei desde el punto de vista de Miyuki y los demás personajes femeninos.