Sinopsis

Inazuma Eleven GO: Chrono Stone se desarrolla después del Torneo de Fútbol Camino Sagrado. El héroe del momento, Tenma Matsukaze, viajó por todo Japón para enseñar fútbol a los niños. Regresa a la Secundaria Raimon tras completar su misión, pero para su sorpresa, ya no es la misma Secundaria Raimon que recuerda. El club de fútbol no existe, y los miembros del equipo campeón del Torneo de Fútbol Camino Sagrado no tienen ningún recuerdo de haber participado en el torneo. Tampoco recuerdan a Tenma ni el juego de fútbol que amaban. Mientras Tenma está desconcertado por este giro, Alpha, el líder de los Agentes de Ruta y capitán del equipo Protocolo Omega, aparece de repente ante él. Alpha declara que él y su equipo son responsables de borrar la pasión por el fútbol en Raimon junto con los recuerdos de los miembros del club de fútbol: y que Tenma es el siguiente. Es entonces cuando un extraño chico llamado Fei Rune aparece justo a tiempo para salvarlo. ¿Quién es Fei y por qué Alpha quiere eliminar el fútbol para siempre? Tenma sabe que debe hacer todo lo que esté en su poder para salir victorioso. Es una batalla que podría sellar el destino del fútbol para siempre.