Mientras Shinsei Inazuma Japan estaba a punto de tener un partido contra Inazuma Legend Japan, un misterioso ataque de una persona y un enjambre de robots interrumpió, y el poder de otra misteriosa chica llevó al mundo a otra dimensión. Cuando el mundo de Inazuma Eleven Go y Danball Senki W se encontraron, los dos equipos deben trabajar juntos para descubrir qué pasó con sus mundos.