En una misión arqueológica al fin del universo conocido, el Profesor Daiba desata sin querer un antiguo horror de su confinamiento. Cinco años después, la malévola fuerza alienígena pone en marcha un plan que reúne a los distintos miembros de la tripulación del Arcadia para navegar las estrellas una vez más, así como llevar a Tadashi Daiba a conocer a Harlock por primera vez (otra vez).