La larga guerra entre el planeta Tierra y los hombres máquina finalmente ha terminado, resultando en una paz que es más una victoria para los hombres máquina que para la Tierra. Warrius Zero perdió a su familia en la guerra a manos de los hombres máquina, pero a pesar de esto, sigue siendo miembro de la flota terrestre que ahora trabaja en conjunto con los hombres máquina. A su nave, compuesta tan

La larga guerra entre el planeta Tierra y los hombres máquina finalmente ha terminado, resultando en una paz que es más una victoria para los hombres máquina que para la Tierra. Warrius Zero perdió a su familia en la guerra a manos de los hombres máquina, pero a pesar de esto, sigue siendo miembro de la flota terrestre que ahora trabaja en conjunto con los hombres máquina. A su nave, compuesta tanto por humanos como por hombres máquina, se le ha encomendado una tarea casi imposible: capturar al pirata espacial Capitán Harlock. Mientras Zero lucha por cumplir esta misión, comienza a surgir evidencia de que la paz entre los hombres máquina y la Tierra podría no ser lo que parece...