El Proyecto Babilonia es una renovación masiva de los barrios de Tokio, que incluye la creación de islas artificiales en la bahía. Utilizando "Labors", o robots creados con el propósito expreso de realizar trabajos, arquitectos y cuadrillas de construcción pueden avanzar de manera más eficiente en el desarrollo de la reforma. Cuando una figura clave en la concepción del Proyecto es encontrada muer

El Proyecto Babilonia es una renovación masiva de los barrios de Tokio, que incluye la creación de islas artificiales en la bahía. Utilizando "Labors", o robots creados con el propósito expreso de realizar trabajos, arquitectos y cuadrillas de construcción pueden avanzar de manera más eficiente en el desarrollo de la reforma. Cuando una figura clave en la concepción del Proyecto es encontrada muerta tras suicidarse en misteriosas circunstancias, la unidad policial Patlabor del Capitán Kiichi Gotou tiene la tarea de llegar al fondo de la extraña situación. Mientras varios Labors empiezan a volverse locos y un programa de IA hackeado pone en peligro a la gente de Tokio, la joven piloto Noa Izumi y su Patlabor Alphonse trabajan bajo las órdenes de Gotou para salvar la ciudad y a toda la nación de una masiva conspiración bíblica.