Sinopsis

Shinji Ikari queda en estado de coma emocional tras la muerte de un querido amigo. Con su hijo mentalmente incapaz de pilotar el robot humanoide Evangelion Unit-01, NERV, liderado por Gendou Ikari, compite contra la organización sombría SEELE para ver quién puede ejecutar su plan supremo primero. SEELE desea crear un ser divino fusionando sus propias almas en una unidad Evangelion, mientras que Gendou desea revertir a toda la humanidad en un solo ser primordial para poder reunirse con Yui, su difunta esposa. SEELE desata sus fuerzas militares en una invasión letal de la sede de NERV. Mientras las fuerzas de SEELE abaten a los científicos y al personal de seguridad de NERV, Asuka Langley Souryuu pilota el Evangelion Unit-02 en una desesperada última resistencia contra el armamento más pesado de SEELE. La batalla se intensifica, y un deprimido Shinji se esconde en lo profundo de la sede de NERV. Con el destino del mundo en las manos de Shinji, la Capitana Misato Katsuragi busca al adolescente mientras la sociedad se desmorona a su alrededor.