Tras escapar por poco de una colisión con una gigantesca Gauna a costa de muchas vidas humanas, Kobayashi, la capitana de la nave espacial Sidonia, se ve impulsada a cambiar su paradigma político. Una vez que asume el poder total, Kobayashi se propone erradicar a las Gaunas del sistema Lem, donde antiguos sidonianos han establecido recientemente una colonia. Su ambición se justifica por dos avance

Tras escapar por poco de una colisión con una gigantesca Gauna a costa de muchas vidas humanas, Kobayashi, la capitana de la nave espacial Sidonia, se ve impulsada a cambiar su paradigma político. Una vez que asume el poder total, Kobayashi se propone erradicar a las Gaunas del sistema Lem, donde antiguos sidonianos han establecido recientemente una colonia. Su ambición se justifica por dos avances: el desarrollo de armas anti-Gauna de largo alcance altamente efectivas y la creación de Tsumugi Shiraui, la primera quimera humano-Gauna que posee un gran poder destructivo. Ante la hostilidad hacia las quimeras y su incierta expedición militar a gran escala, Kobayashi recluta la ayuda del nuevo piloto de élite Nagate Tanikaze. Debido a sus experiencias personales con Shizuka Hoshijiro y la placenta de Benisuzume, Tanikaze pronto desarrolla un fuerte vínculo con Tsumugi. A medida que se acerca la batalla final contra el oponente más formidable de la humanidad, Tanikaze intenta disfrutar los últimos días de paz con su amiga Izana Shinatose, mientras Kobayashi persigue en secreto el desarrollo de un arma experimental que podría llevar a la destrucción total de Sidonia.