Sinopsis

Tras destruir la Tierra hace muchos años, la raza alienígena Gauna ha estado persiguiendo los restos de la humanidad que, tras escapar por poco, huyeron por la galaxia en una serie de gigantescas naves semillero. En el año 3394, Nagate Tanikaze emerge de su reclusión de toda la vida en las profundidades de la nave semillero Sidonia en busca de comida en los niveles superiores, solo para encontrarse arrastrado a acontecimientos que se desarrollan sin su conocimiento. Cuando los Gauna comienzan su asalto a Sidonia, recae en Tanikaze, con la ayuda de sus compañeros soldados y amigos Shizuka Hoshijiro, Izana Shinatose y Yuhata Midorikawa, defender la última esperanza de supervivencia de la humanidad y derrotar a sus enemigos alienígenas. Sidonia no Kishi sigue a Tanikaze mientras descubre el mundo que ha estado sobre él toda su vida y se convierte en el héroe que Sidonia necesita.