Hace quince años, en una desolada extensión del Pacífico, un crucero chocó contra un iceberg y se perdió en el mar. Más de una década después, Hideto Yashiro, un ingeniero naval, murió en un fatal accidente automovilístico. La improbable conexión entre estos eventos solo sale a la luz en el lujoso transatlántico St. Aphrodite durante su viaje inaugural. A bordo, disfrutando de unas muy necesarias

Hace quince años, en una desolada extensión del Pacífico, un crucero chocó contra un iceberg y se perdió en el mar. Más de una década después, Hideto Yashiro, un ingeniero naval, murió en un fatal accidente automovilístico. La improbable conexión entre estos eventos solo sale a la luz en el lujoso transatlántico St. Aphrodite durante su viaje inaugural. A bordo, disfrutando de unas muy necesarias vacaciones, Kogorou Mouri, su hija Ran, Conan Edogawa y los Detective Boys disfrutan de un viaje proporcionado por la familia de Sonoko Suzuki. Pero su diversión se ve pronto interrumpida cuando un juego del escondite lleva a la desaparición de Sonoko. Tiempo después, la CEO del grupo Yashiro, quien construyó el St. Aphrodite, es encontrada apuñalada hasta la muerte y su padre desaparecido. Mientras la investigación policial llega a un callejón sin salida, Conan se acerca al culpable. Al no querer ser aprehendido, el culpable amenaza con volar el St. Aphrodite y hundir a todos sus pasajeros. A medida que el casco del barco se llena rápidamente de agua, la verdad detrás de los vengativos asesinatos finalmente se revela. Sin lugar a donde escapar, Conan y Kogorou deben enfrentarse al esquivo culpable antes de que todos a bordo sean arrastrados al fondo del océano.