Tras derrotar a un misterioso enemigo, Yuuma Tsukumo, con la ayuda de Kaito Tenjou y Ryouga "Shark" Kamishiro, ha frustrado los planes de los Barianos. Sin embargo, Yuuma aún está en una misión para recuperar las Cartas Número y restaurar los recuerdos de Astral. Los Siete Emperadores Barianos se enteran de los esfuerzos de Yuuma y Astral y comienzan a coleccionar las cartas por sí mismos para log

Tras derrotar a un misterioso enemigo, Yuuma Tsukumo, con la ayuda de Kaito Tenjou y Ryouga "Shark" Kamishiro, ha frustrado los planes de los Barianos. Sin embargo, Yuuma aún está en una misión para recuperar las Cartas Número y restaurar los recuerdos de Astral. Los Siete Emperadores Barianos se enteran de los esfuerzos de Yuuma y Astral y comienzan a coleccionar las cartas por sí mismos para lograr su objetivo final: destruir el mundo de Astral a cambio de salvar el suyo. Aunque solo cinco de los emperadores están presentes, deciden unánimemente aniquilar a Astral y Yuuma de una vez por todas. En otro lugar, con sus recién descubiertos poderes de ZEXAL, Astral y Yuuma trabajan para eliminar la fuerza enemiga que amenaza la Tierra y el resto del universo. Yu☆Gi☆Oh! Zexal Second desvela los misterios y las desagradables sorpresas que se esconden tras las adversidades de Yuuma. Mientras Astral lucha por aceptar su pasado y las consecuencias que este pueda haber traído, ¿seguirán los dioses derramando su fortuna sobre Yuuma en otra peligrosa aventura?