Para proteger la paz y la seguridad de Japón de unos misteriosos "Seres Monstruosos Gigantes", el Instituto de Ultra Evolución Shinkansen desarrolló los "Robots Transformables Shinkansen Shinkalions". En preparación para el ataque de nuevos enemigos, el Instituto de Ultra Evolución está desarrollando un nuevo tipo de robot llamado "Shinkalion Z", así como nuevos vehículos de mejora de armamento ll

Para proteger la paz y la seguridad de Japón de unos misteriosos "Seres Monstruosos Gigantes", el Instituto de Ultra Evolución Shinkansen desarrolló los "Robots Transformables Shinkansen Shinkalions". En preparación para el ataque de nuevos enemigos, el Instituto de Ultra Evolución está desarrollando un nuevo tipo de robot llamado "Shinkalion Z", así como nuevos vehículos de mejora de armamento llamados "Zailiners" que se transforman de trenes convencionales para potenciar al "Shinkalion Z". Los niños que se convirtieron en los conductores del "Shinkalion Z" con una alta tasa de compatibilidad trabajarán junto a los miembros del personal del instituto para enfrentarse a los monstruos gigantes que han reaparecido. La aparición de enemigos desconocidos. Y el encuentro de dos chicos.