La vida ordinaria del estudiante de preparatoria Ayato Kamina se pone de cabeza cuando Tokio es repentinamente invadida por aviones de combate futuristas. En medio del caos, se encuentra con una mujer llamada Haruka Shitow, quien afirma ser de una organización gubernamental llamada TERRA. Ella revela que él ha estado viviendo en una burbuja de tiempo llamada "Tokyo Jupiter", la cual fue creada por

La vida ordinaria del estudiante de preparatoria Ayato Kamina se pone de cabeza cuando Tokio es repentinamente invadida por aviones de combate futuristas. En medio del caos, se encuentra con una mujer llamada Haruka Shitow, quien afirma ser de una organización gubernamental llamada TERRA. Ella revela que él ha estado viviendo en una burbuja de tiempo llamada "Tokyo Jupiter", la cual fue creada por los Mulianos —humanoides de otra dimensión— en un intento por aislar y tomar el control de Tokio. TERRA ha estado intentando romper la barrera que rodea la ciudad desde entonces. Incapaz de procesar la revelación, Ayato entra en pánico y huye. Se topa con su compañera de clase Reika Mishima, quien lo lleva a un lugar llamado "The Shrine of Xephon", donde duerme un gran huevo. Ella comienza a cantar y un poder desconocido despierta dentro de Ayato, conectándolo con un ser llamado RahXephon, que emerge del huevo. Poco después, Haruka lo encuentra de nuevo e intenta que se una a su causa de luchar contra los Mulianos. Atrapado entre las miradas de los Mulianos y TERRA, Ayato comienza a cuestionar su propósito, navegando por recuerdos alterados y, en última instancia, su propia identidad en este nuevo y caótico mundo.