Sinopsis

En 1973, tras la implacable Guerra Lunar, que duró seis años, las hostiles especies alienígenas conocidas como BETA —seres de origen extraterrestre que son adversarios de la raza humana— invadieron la Tierra, matando a miles de millones y diezmando Eurasia. Si bien las BETA pueden ser destruidas con armas convencionales, su clase láser es capaz de aniquilar flotas aéreas enteras, obligando a la humanidad a desarrollar trajes de combate gigantes llamados Tactical Surface Fighters (TSF) para combatirlas. Cuando las BETA llegan a Japón en 1998, la estudiante de academia militar y piloto de TSF —o eishi—, Yui Takamura, recibe la orden de defender la última línea de defensa de Kioto junto a sus compañeros de clase. A costa de incontables vidas humanas y el sacrificio de los amigos de Yui, el Ejército Imperial Japonés logra repeler a los invasores, dejando destrucción a su paso. Sin embargo, este encuentro deja a Yui decidida a no permitir jamás que algo así vuelva a ocurrir. Tres años después, ahora teniente, Yui se une al proyecto XFJ, un programa de desarrollo de TSF conjunto de Japón y Estados Unidos con base en Alaska. En un equipo internacional compuesto por el poco cooperativo piloto de pruebas japonés-estadounidense Yuuya Bridges y varios eishi de países perdidos ante las BETA, la tarea de Yui es ayudar a desarrollar el nuevo TSF japonés, el Shiranui. En medio de tensiones políticas heredadas de la Guerra Fría, Muv-Luv Alternative: Total Eclipse sigue la delicada misión de Yui y el viaje de Yuuya para superar los demonios del pasado que aún lo persiguen.