Tras una batalla desesperada y muchas pérdidas, los humanos finalmente matan a Godzilla, el monstruo que obligó a la humanidad a huir de la Tierra 20 mil años atrás. Pero la criatura que las tropas de Haruo Sakaki mataron no estaba sola; existía otro Godzilla en la Tierra aún por derrotar. Gravemente herido del primer conflicto, Sakaki despierta en el hogar de una joven miembro de la tribu Houtua.

Tras una batalla desesperada y muchas pérdidas, los humanos finalmente matan a Godzilla, el monstruo que obligó a la humanidad a huir de la Tierra 20 mil años atrás. Pero la criatura que las tropas de Haruo Sakaki mataron no estaba sola; existía otro Godzilla en la Tierra aún por derrotar. Gravemente herido del primer conflicto, Sakaki despierta en el hogar de una joven miembro de la tribu Houtua. Con un asombroso parecido a los humanos, los Houtua se han adaptado para sobrevivir al clima cambiado del planeta, que fue abandonado hace mucho tiempo. Con la mayor parte de sus recursos agotados, los miembros restantes de las fuerzas especiales de Sakaki luchan con la decisión de abandonar su misión y su planeta natal o pelear una batalla improbable. Sin embargo, la esperanza no está completamente perdida, ya que los miembros de la raza alienígena Bilusaludo descubren restos de su arma anti-Godzilla, Mechagodzilla. Incluso con esta poderosa arma en su arsenal, la victoria parece imposible de alcanzar: Godzilla ha pasado todo este tiempo evolucionando y preparándose para derrotar a cualquiera que se atreva a desafiar su superioridad.