El año es 2148. Dos años después del final de la serie original de TV Fafner in the Azure, la isla Tatsumiya y sus residentes sobrevivientes han regresado a una especie de recuperación. Sin embargo, las cosas se han vuelto desesperadas para nuestro héroe, Kazuki; casi ciego ahora, y parcialmente lisiado por sus batallas contra los Festum dos años antes, se aferra a la promesa que su amigo caído So

El año es 2148. Dos años después del final de la serie original de TV Fafner in the Azure, la isla Tatsumiya y sus residentes sobrevivientes han regresado a una especie de recuperación. Sin embargo, las cosas se han vuelto desesperadas para nuestro héroe, Kazuki; casi ciego ahora, y parcialmente lisiado por sus batallas contra los Festum dos años antes, se aferra a la promesa que su amigo caído Soushi le hizo de regresar a la isla y poner las cosas en orden nuevamente. Las esperanzas de Kazuki se encienden cuando se detecta una forma de vida dentro de un submarino no tripulado que llega flotando a la Bahía de Tatsumiya una noche, pero la persona a bordo no es Soushi; es un misterioso "chico" llamado Misao Kurusu que podría no ser completamente humano, y que afirma haber sido enviado por Sōshi. Con la llegada de Misao, las hostilidades estallan de nuevo entre el Ejército Humano y los Festum, y los pilotos de Fafner se ven inmersos en la batalla más desesperada de sus vidas, esta vez, con el destino de DOS razas sobre sus hombros.