Elfen Lied sigue al manga original a través de los primeros siete volúmenes, con varias alteraciones en la historia, y concluye con un final original. En una entrevista, el director Mamoru Kanbe expresó su decepción por tener que condensar la historia en 13 episodios y sintió que se necesitaban más para incluir detalles argumentales significativos que habrían hecho la serie más emotiva. El diseño

Elfen Lied sigue al manga original a través de los primeros siete volúmenes, con varias alteraciones en la historia, y concluye con un final original. En una entrevista, el director Mamoru Kanbe expresó su decepción por tener que condensar la historia en 13 episodios y sintió que se necesitaban más para incluir detalles argumentales significativos que habrían hecho la serie más emotiva. El diseño artístico de las secuencias de apertura y cierre está fuertemente inspirado en las obras del pintor simbolista austriaco Gustav Klimt. Se utilizaron colores y patrones que se asemejan al estilo distintivo de Klimt, y los personajes de la serie fueron dibujados para recrear varias pinturas del período dorado del artista, incluyendo "El Beso". El tema de apertura, "LILIUM", que se canta en latín eclesiástico, utiliza letras tomadas de la Biblia, el himno renacentista "Ave mundi spes Maria", así como del compendio alquímico Theatrum Chemicum.