El genio de la ciencia de preparatoria, Makoto Mizuhara, está trabajando en su proyecto más reciente para el festival escolar, junto a su mejor amigo, Nanami Jinnai. El hermano de Nanami y rival de toda la vida de Makoto, el inescrupuloso presidente del consejo estudiantil, Katsuhiko Jinnai, está bajo escrutinio por manejar mal la planificación del festival escolar y está convencido de que Makoto

El genio de la ciencia de preparatoria, Makoto Mizuhara, está trabajando en su proyecto más reciente para el festival escolar, junto a su mejor amigo, Nanami Jinnai. El hermano de Nanami y rival de toda la vida de Makoto, el inescrupuloso presidente del consejo estudiantil, Katsuhiko Jinnai, está bajo escrutinio por manejar mal la planificación del festival escolar y está convencido de que Makoto trama robarle su puesto. Una noche, mientras Makoto y Nanami se toman un descanso con su profesor, Masamichi Fujisawa, Jinnai se cuela en el laboratorio de ciencias y sabotea el dispositivo de Makoto, el cual de repente abre un portal que los arroja a los cuatro a otro mundo. Al llegar, Makoto es inmediatamente atacado por una horda de monstruos insectos gigantes. Mientras huye de ellos, se encuentra con Fujisawa y una chica llamada Rune Venus. Después de que Fujisawa lucha contra los monstruos, llega un grupo de dignatarios buscando a Rune, su princesa. Le informan a Makoto y Fujisawa que están en un mundo llamado El-Hazard y los llevan de regreso al palacio de Roshtaria, su reino. Aunque sus consejeros sospechan de los recién llegados, Rune decreta que deben ser tratados como invitados y rápidamente se hace amiga de Makoto. Sin saber que Nanami y Jinnai también están en este mundo, Makoto se pone a trabajar para encontrar una manera de regresar a la Tierra.