Sinopsis

Hikaru Shidou, Umi Ryuuzaki y Fuu Hououji son extrañas unidas por el destino cuando se conocen durante una excursión aparentemente normal a la Torre de Tokio. Acompañadas por un gran destello de luz, escuchan la misteriosa súplica de una mujer para salvar "Cephiro", y las heroínas de secundaria son repentinamente arrastradas por un pez volador gigante. Después, llegan a una tierra desconocida, donde se encuentran con un hombre llamado Master Mage Clef. Clef informa a las chicas que fueron convocadas por la Princesa Emeraude para cumplir sus destinos como Magic Knights, restaurando la paz y el equilibrio en Cephiro. La tierra, antes vibrante y pacífica, ha estado en desorden desde que el Alto Sacerdote Zagato encarceló a la princesa, quien actuaba como el pilar de estabilidad de Cephiro. Las Magic Knights aceptan a regañadientes las palabras de Clef como verdad y se embarcan en un viaje para salvar a Cephiro de las garras del mal.