En Arkham Asylum, Batman se enfrenta a Gorilla Grodd mientras intenta destruir el nuevo invento de Grodd: el Quake Engine. En medio del caos, el motor se activa y todo el asilo desaparece repentinamente de la faz de la tierra, llevándose a Batman consigo. Una vez que el polvo se asienta, Batman se encuentra parado en medio de un camino desconocido. Pronto se da cuenta de que ya no está en Gotham C

En Arkham Asylum, Batman se enfrenta a Gorilla Grodd mientras intenta destruir el nuevo invento de Grodd: el Quake Engine. En medio del caos, el motor se activa y todo el asilo desaparece repentinamente de la faz de la tierra, llevándose a Batman consigo. Una vez que el polvo se asienta, Batman se encuentra parado en medio de un camino desconocido. Pronto se da cuenta de que ya no está en Gotham City, ¡sino en el Japón Feudal! El asombro se desvanece rápidamente cuando samuráis descienden sobre él, buscando quitarle la vida. Más tarde, la investigación de Batman lo lleva a descubrir que el responsable de la orden de asesinato no es otro que su archienemigo, el Joker. Tras un encuentro con Catwoman, se entera de que los criminales del asilo se habían teletransportado allí dos años antes, cada uno gobernando una parte de Japón, siendo Joker el señor de la guerra dominante. Para regresar a casa, Batman debe reactivar el Quake Engine, ubicado en los restos del asilo, ahora conocido como Arkham Castle. Sin embargo, hay un problema: aparte de su cinturón de artilugios, el arsenal que una vez tuvo a su alcance ha desaparecido casi por completo. Ninja Batman sigue al Caballero Oscuro mientras atraviesa un extraño nuevo entorno, enfrentándose a enemigos familiares en un intento por regresar a Gotham en una sola pieza.