En un desierto remoto del Planeta Zi, un chico llamado Van descubre una instalación abandonada y en ruinas. Dentro, encuentra un capullo opaco que se rompe por sí solo, y de la cáscara emerge un robot parecido a un dinosaurio conocido como "Organoid". Van nombra a la criatura Zeke y la reclama para sí, pero un grupo de bandidos lo persiguen para apoderarse del Organoid. Los bandidos están equipado

En un desierto remoto del Planeta Zi, un chico llamado Van descubre una instalación abandonada y en ruinas. Dentro, encuentra un capullo opaco que se rompe por sí solo, y de la cáscara emerge un robot parecido a un dinosaurio conocido como "Organoid". Van nombra a la criatura Zeke y la reclama para sí, pero un grupo de bandidos lo persiguen para apoderarse del Organoid. Los bandidos están equipados con "Zoids", unidades mecánicas con forma de bestia que se utilizan para el combate. Van logra defenderse de sus perseguidores al revivir y fusionarse con un viejo Zoid apodado el "Shield Liger". Van regresa a la instalación con Zeke a cuestas y encuentra un nuevo capullo. Se muestra eufórico al pensar que podría haber obtenido otro Organoid, pero cuando el capullo se rompe, en su lugar emerge una chica. Desconociendo sus orígenes, la chica solo recuerda que su nombre es Fiona y que debe localizar un objeto llamado "Zoid Eve". Determinada a resolver el misterio detrás de su existencia, Fiona se aventura junto a Van y Zeke para descubrir qué es realmente el Zoid Eve. El trío se topa con muchos amigos y enemigos en su aventura, encontrando diversos peligros y experimentando momentos de ligereza a medida que viajan. [Escrito por MAL Rewrite]