La historia se desarrolla en el planeta Maris en el año 2387. Alrededor de esta época, los Nozas comenzaron a exterminar genocidamente a todos los humanos para poder desovar y reproducirse en el planeta. Aparecen tres misteriosas armas llamadas "Zillion Weapon System" y tres adolescentes (JJ, Champ y Apple) son elegidos para empuñarlas como los White Knights, con el fin de luchar contra los Nozas.