Tras los eventos de la cuarta película, la serie se centra en Keisuke Amano, un niño de 11 años y el hermano menor de Natsume (ambos son hijos de Keita Amano y Fumika Kodama del anime original Youkai Watch), quien no cree en ningún fenómeno sobrenatural a su alrededor. Pero al notar que su hermana regresa a casa tarde frecuentemente, decide seguirla, solo para descubrir que ella está cumpliendo co

Tras los eventos de la cuarta película, la serie se centra en Keisuke Amano, un niño de 11 años y el hermano menor de Natsume (ambos son hijos de Keita Amano y Fumika Kodama del anime original Youkai Watch), quien no cree en ningún fenómeno sobrenatural a su alrededor. Pero al notar que su hermana regresa a casa tarde frecuentemente, decide seguirla, solo para descubrir que ella está cumpliendo con sus deberes de exorcizar Youkai malvados junto a sus amigos Touma y Akinori, y dirigiendo una agencia de detectives Yo-Kai. Con su secreto revelado, Natsume decide dejar que él se una a sus actividades mientras investigan crímenes de Youkai y se enfrentan a Youkai malvados para mantener la paz en toda la ciudad.