Grisaia no Rakuen comienza justo al final de la entrega anterior, Grisaia no Meikyuu. Kazami Yuuji es arrestado bajo sospecha de terrorismo. Un video muestra pruebas aparentemente concretas de que Yuuji cometió estos actos, y él es retenido bajo custodia por Ichigaya. Ichigaya sabe muy bien que Yuuji no cometió los crímenes de los que se le acusa. Pero sí falló en asesinar a Heath Oslo, quien es

Grisaia no Rakuen comienza justo al final de la entrega anterior, Grisaia no Meikyuu. Kazami Yuuji es arrestado bajo sospecha de terrorismo. Un video muestra pruebas aparentemente concretas de que Yuuji cometió estos actos, y él es retenido bajo custodia por Ichigaya. Ichigaya sabe muy bien que Yuuji no cometió los crímenes de los que se le acusa. Pero sí falló en asesinar a Heath Oslo, quien es el líder de la organización terrorista que posee un arma extremadamente devastadora. De hecho, Ichigaya tiene sus propios planes para Yuuji... Pero puede que no todo esté perdido para Yuuji. Las chicas de la Academia Mihama no están dispuestas a permitir que Yuuji sea utilizado con fines políticos, y tampoco lo estará la misteriosa nueva figura que aparece ante ellas.