My-Otome Zwei se desarrolla un año después de los eventos de My-Otome. Arika es ahora una Otome en toda regla (aunque todavía bajo la tutela de Miss Maria) y Nagi está encarcelado en una prisión en algún lugar de Aries. Las diversas naciones están en paz entre sí y planean celebrar S.O.L.T. (Strategic Otome Limitation Talks) para discutir la limitación del número de Otome. Una misión para destrui

My-Otome Zwei se desarrolla un año después de los eventos de My-Otome. Arika es ahora una Otome en toda regla (aunque todavía bajo la tutela de Miss Maria) y Nagi está encarcelado en una prisión en algún lugar de Aries. Las diversas naciones están en paz entre sí y planean celebrar S.O.L.T. (Strategic Otome Limitation Talks) para discutir la limitación del número de Otome. Una misión para destruir un meteorito que amenaza con colisionar con Earl pone en marcha una cadena de eventos que resultan en un misterioso personaje sombrío atacando Garderobe y varias Otome, así como una nueva y más poderosa versión de Slave apareciendo en todo el planeta. Para empeorar las cosas, la Reina Mashiro desaparece tras una discusión con Arika. La serie sigue la búsqueda de Arika por Mashiro, así como los intentos de Garderobe por descubrir la verdad detrás de la figura sombría.