En la segunda temporada, la historia continúa exactamente donde se quedó anteriormente. La Bodega de Fermentación y el laboratorio del Profesor Itsuki están listos para operar y, con el don único de Sawaki Tadayasu para ver y comunicarse con los microbios para ayudar, el heterogéneo grupo de estudiantes de Itsuki comienza a procesar diferentes productos fermentados como la salsa de soja y el sake.