Tras la derrota de Myouri Unzen a manos de Medaka Kurokami y su Consejo Estudiantil, la paz ha regresado a la Academia Hakoniwa... al menos, por un corto tiempo. Pronto, Medaka, Zenkichi Hitoyoshi, Kouki Akune y Mogana Kikaijima se ven envueltos en otro siniestro plan, conocido como el "Flask Plan", liderado por el propio director de la escuela. Sin embargo, el primer problema del consejo es lidi

Tras la derrota de Myouri Unzen a manos de Medaka Kurokami y su Consejo Estudiantil, la paz ha regresado a la Academia Hakoniwa... al menos, por un corto tiempo. Pronto, Medaka, Zenkichi Hitoyoshi, Kouki Akune y Mogana Kikaijima se ven envueltos en otro siniestro plan, conocido como el "Flask Plan", liderado por el propio director de la escuela. Sin embargo, el primer problema del consejo es lidiar con un nuevo grupo de estudiantes sobrehumanos que se hacen llamar la "Thirteen Party", liderada por el ególatra pero poderoso Oudo Miyakonojou. Con el misterioso Flask Plan, la tiranía de Oudo y el resurgimiento de un viejo enemigo, el estado de la Academia Hakoniwa está lejos de ser tranquilo, y Medaka y sus compañeros tendrán mucho que hacer, ya que las cosas solo se vuelven mucho más anormales.