Al transferirse a una nueva escuela solo para chicas, Kanako Miyamae esperaba encontrar el amor verdadero. Lo que encontró en cambio fue la hermosa Mariya Shidou, una encantadora compañera de clase que Kanako conoció en su primer día. Pero Mariya tiene un defecto: ¡en realidad es un chico que se viste de chica! Después de descubrir el secreto de Mariya y quedarse atrapada con él como su compañera

Al transferirse a una nueva escuela solo para chicas, Kanako Miyamae esperaba encontrar el amor verdadero. Lo que encontró en cambio fue la hermosa Mariya Shidou, una encantadora compañera de clase que Kanako conoció en su primer día. Pero Mariya tiene un defecto: ¡en realidad es un chico que se viste de chica! Después de descubrir el secreto de Mariya y quedarse atrapada con él como su compañera de cuarto, la vida de Kanako se ha convertido en una serie de desgracias. Lo único que quiere es encontrar a la chica de sus sueños, lo cual es difícil de lograr con la intromisión del sádico Mariya y su sirvienta de lengua afilada, Matsurika Shinouji. Maria†Holic Alive continúa la historia de Kanako mientras lidia con ser la compañera de cuarto de Mariya y tiene como objetivo encontrar el amor verdadero, todo mientras soporta la propia escuela secundaria.