Tras la primera derrota en béisbol de los Little Busters, el equipo decide organizar una fiesta de panqueques. Ha pasado casi un semestre desde el regreso de Kyousuke Natsume. Como siempre, Riki Naoe continúa ayudando a los miembros de los Little Busters, tanto antiguos como nuevos, a enfrentar sus luchas internas. Sin embargo, comienzan a ocurrir sucesos extraños que acercan a Rin Natsume y Riki

Tras la primera derrota en béisbol de los Little Busters, el equipo decide organizar una fiesta de panqueques. Ha pasado casi un semestre desde el regreso de Kyousuke Natsume. Como siempre, Riki Naoe continúa ayudando a los miembros de los Little Busters, tanto antiguos como nuevos, a enfrentar sus luchas internas. Sin embargo, comienzan a ocurrir sucesos extraños que acercan a Rin Natsume y Riki a desentrañar la verdad detrás del "secreto de este mundo". Rin y Riki no saben que su descubrimiento terminará cambiando para siempre la pacífica vida cotidiana creada por los Little Busters. Little Busters!: Refrain pone fin a las coloridas historias de su elenco coral, forjadas con el peso de las emociones y fortalecidas con el lazo de la amistad, mientras aceptan sus arrepentimientos y debilidades.