La paz finalmente ha regresado a la Academia Honnouji, y ahora que ha cumplido su propósito original, la peculiar preparatoria será clausurada en un mes. Sin embargo, aún queda un último evento por llevar a cabo: la ceremonia de graduación. Mientras cada miembro del consejo estudiantil se prepara para dejar atrás sus yo pasados y enfocarse en lo que desean hacer en el futuro, Satsuki Kiryuuin luch

La paz finalmente ha regresado a la Academia Honnouji, y ahora que ha cumplido su propósito original, la peculiar preparatoria será clausurada en un mes. Sin embargo, aún queda un último evento por llevar a cabo: la ceremonia de graduación. Mientras cada miembro del consejo estudiantil se prepara para dejar atrás sus yo pasados y enfocarse en lo que desean hacer en el futuro, Satsuki Kiryuuin lucha por encontrar su propio camino, habiendo perdido su determinación tras alcanzar finalmente la victoria. Pero justo antes de que dé su discurso al cuerpo estudiantil, la ceremonia es interrumpida por seres misteriosos idénticos a los miembros del consejo estudiantil. Mientras Ryuuko Matoi y los Cuatro de Élite se preparan para luchar una vez más, descubren rápidamente que quien mueve los hilos es un viejo enemigo que ha regresado para vengarse.