Tras la masiva operación que resultó en el confinamiento de Kafka Hibino, también conocido como Kaijuu No. 8, la Fuerza de Defensa ha estado desconcertada sobre cómo lidiar con él. Kafka es el primer kaijuu en aliarse con los humanos y, después de una cuidadosa consideración, finalmente es transferido a la Primera División de la Fuerza de Defensa con la esperanza de añadir su poder a la división m

Tras la masiva operación que resultó en el confinamiento de Kafka Hibino, también conocido como Kaijuu No. 8, la Fuerza de Defensa ha estado desconcertada sobre cómo lidiar con él. Kafka es el primer kaijuu en aliarse con los humanos y, después de una cuidadosa consideración, finalmente es transferido a la Primera División de la Fuerza de Defensa con la esperanza de añadir su poder a la división más fuerte, capaz de manejar cualquier amenaza. Sin embargo, algunas personas todavía dudan de Kafka y él debe demostrar su valía en la próxima misión. Kafka y la Primera División son enviados pronto cuando una horda masiva de kaijuus con forma de hormiga comienza a causar estragos. Gracias a la fuerza combinada de la amiga de Kafka, Kikoru Shinomiya, y su capitán, Gen Narumi, la misión parece progresar como debe. Sin embargo, cuando Kafka no logra transformarse en su forma de kaijuu, el temible Kaijuu No. 9 se une a la batalla con un solo objetivo: eliminarlo y robar su poder. Aunque la situación parece sombría, Kafka debe superar su prueba más difícil hasta ahora junto con los demás si quiere seguir persiguiendo su sueño: luchar codo a codo con su amiga de la infancia y capitana de la Tercera División, Mina Ashiro.