Cien años después de que catastróficos cambios en las placas tectónicas hicieran que la mayor parte de su territorio se sumergiera, Japón prospera ahora como una nación marítima. Ciudades de alto funcionamiento bordean las costas de Japón, y rutas marítimas bien desarrolladas son defendidas por buques navales especializados. La industria marina está floreciendo, y jóvenes chicas están ansiosas por

Cien años después de que catastróficos cambios en las placas tectónicas hicieran que la mayor parte de su territorio se sumergiera, Japón prospera ahora como una nación marítima. Ciudades de alto funcionamiento bordean las costas de Japón, y rutas marítimas bien desarrolladas son defendidas por buques navales especializados. La industria marina está floreciendo, y jóvenes chicas están ansiosas por unirse a las Blue Mermaids, mujeres altamente calificadas que dedican sus vidas a proteger los mares. Después de un tiempo separadas, las amigas de la infancia Akeno Misaki y Moeka China se reencuentran en la Yokosuka Girls' Marine High School. Aquí se les unen otras que comparten su sueño de convertirse en Blue Mermaids. Pronto, comienzan los ejercicios de entrenamiento, con Akeno y Moeka a cargo de sus propios barcos y tripulación. Todo progresa sin problemas para Akeno mientras se adapta a su papel de capitana y construye camaradería entre sus compañeras de tripulación a bordo del Harekaze, un buque destructor. Sin embargo, fallos inesperados en el motor y la navegación pronto dejan su barco varado y a la tripulación en peligro. High School Fleet sigue a la valiente tripulación del Harekaze mientras navegan por aguas traicioneras y otros obstáculos en su búsqueda para convertirse en Blue Mermaids de pleno derecho.