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Tras la finalización del increíblemente popular MMORPG de realidad virtual "The World", una nueva versión del juego, The World R:2, sale en línea. En su primer día en el juego, el novato Haseo cree que ha hecho algunos amigos para ir en misiones. Sin embargo, como si se burlaran de sus sentimientos, matan a su personaje solo por diversión. Por suerte, es salvado por un misterioso jugador tuerto ll

Tras la finalización del increíblemente popular MMORPG de realidad virtual "The World", una nueva versión del juego, The World R:2, sale en línea. En su primer día en el juego, el novato Haseo cree que ha hecho algunos amigos para ir en misiones. Sin embargo, como si se burlaran de sus sentimientos, matan a su personaje solo por diversión. Por suerte, es salvado por un misterioso jugador tuerto llamado Ovan, quien se ofrece a mostrarle The World. Junto a Ovan y su amiga clériga Shino, Haseo disfruta de un maravilloso primer año en el juego. Pero esta vida pacífica se hace añicos cuando el personaje de Shino es asesinado por una figura familiar, tristemente conocida como Tri-Edge, cuyas víctimas han caído en coma en el mundo real. Lleno de rabia, Haseo jura encontrar al esquivo Tri-Edge y matarlo. Ambientado durante el primer año de Haseo en The World, .hack//Roots explora las amistades que Haseo construyó en el juego antes de que Tri-Edge se las arrebatara.