La historia del anime se desarrolla en 2027, un año después del fin de la cuarta guerra no nuclear. New Port City aún se recupera de las secuelas de la guerra cuando sufre un atentado causado por una mina autopropulsada. Luego, un miembro del ejército implicado en sobornos por tráfico de armas es abatido a tiros. Durante la investigación, Daisuke Aramaki, de la Sección de Seguridad Pública, se en

La historia del anime se desarrolla en 2027, un año después del fin de la cuarta guerra no nuclear. New Port City aún se recupera de las secuelas de la guerra cuando sufre un atentado causado por una mina autopropulsada. Luego, un miembro del ejército implicado en sobornos por tráfico de armas es abatido a tiros. Durante la investigación, Daisuke Aramaki, de la Sección de Seguridad Pública, se encuentra con Motoko Kusanagi, la hacker de nivel hechicero ciborg asignada a la Unidad Secreta 501 del ejército. Batou, un hombre con "el ojo que nunca duerme", sospecha que Kusanagi está detrás del atentado. El detective Togusa, de la Policía Prefectural de Niihama, persigue sus propios casos relacionados con la muerte a tiros y el asesinato de una prostituta. La propia Motoko es vigilada por Kurutsu, el jefe de la Unidad Secreta 501, y por agentes ciborg.