Han pasado treinta y dos años desde la derrota inicial de los Invasores. A.E.G.I.S está prácticamente desmantelado y se ha convertido en una organización clandestina que solo cuenta con unos pocos Gate Keepers que quedan para salvar a la humanidad. Una de las miembros, Ayane Isuzu, está harta de la sociedad en general, aunque sigue derrotando a los Invasores por rencor hacia su padre. De repente,

Han pasado treinta y dos años desde la derrota inicial de los Invasores. A.E.G.I.S está prácticamente desmantelado y se ha convertido en una organización clandestina que solo cuenta con unos pocos Gate Keepers que quedan para salvar a la humanidad. Una de las miembros, Ayane Isuzu, está harta de la sociedad en general, aunque sigue derrotando a los Invasores por rencor hacia su padre. De repente, se entera del resurgimiento de Machine General (Kikai Shogun) y Devil Count (Akuma Hakushaku), pero una misteriosa chica fantasma ahora los acompaña. Depende de Ayane y los restos de A.E.G.I.S detenerlos y salvar a la humanidad una vez más.