Tras la aparente destrucción definitiva del Líder X al final de Gatchaman II, un fragmento suyo que sobrevivió crece y muta en Z. Con la cabeza de la familia Egobossler, el Conde Egobossler (y sus dos subordinados Mechandol y Kempler), Z está empeñado en destruir la Tierra y al Equipo Ninja de la Ciencia, una vez más. A raíz de la muerte de Anderson, el Dr. Nambu se ha convertido en el nuevo jefe

Tras la aparente destrucción definitiva del Líder X al final de Gatchaman II, un fragmento suyo que sobrevivió crece y muta en Z. Con la cabeza de la familia Egobossler, el Conde Egobossler (y sus dos subordinados Mechandol y Kempler), Z está empeñado en destruir la Tierra y al Equipo Ninja de la Ciencia, una vez más. A raíz de la muerte de Anderson, el Dr. Nambu se ha convertido en el nuevo jefe de la ISO, mientras que el equipo ahora está confinado a la base submarina de Gallatown (también conocida como "G-Town"). Se presenta al ingeniero Kamo y, después de que el New GodPhoenix es destruido al principio, el equipo recibe el nuevo Gatchaspartan como su mecha. El Gatchaspartan también tiene un modo especial, llamado Hypershoot, que solo puede ser utilizado por Ken (con su nueva espada "Gatchafencer"). A medida que la serie avanza, se descubre que la exposición a la radiación por el uso constante del Hypershoot está matando lentamente a Ken, y que su uso continuado significaría la muerte. Mientras tanto, Z planea destruir la Tierra con un asteroide de antimateria, con nombre en código "Poison Apple".