Veinte años antes del comienzo de la historia, un asteroide que se dirigía a la Tierra destruye Plutón. Debido a la destrucción de Plutón, el asteroide, apodado Thanatos, se detiene temporalmente. Ahora, para evitar la inminente destrucción de la Tierra, la Agencia Internacional de Desarrollo del Sistema Solar (ISDA) trabaja en el "Proyecto D" y crea el "Dragonaut" tras encontrar un huevo de dragó

Veinte años antes del comienzo de la historia, un asteroide que se dirigía a la Tierra destruye Plutón. Debido a la destrucción de Plutón, el asteroide, apodado Thanatos, se detiene temporalmente. Ahora, para evitar la inminente destrucción de la Tierra, la Agencia Internacional de Desarrollo del Sistema Solar (ISDA) trabaja en el "Proyecto D" y crea el "Dragonaut" tras encontrar un huevo de dragón bajo el océano. El propósito principal de esta arma es destruir el asteroide cuando llegue el momento. Sin embargo, pronto descubren que el asteroide no es su única amenaza, ya que en la Tierra aparecen poderosas criaturas parecidas a dragones, empeñadas en la destrucción. Tras presenciar un asesinato a manos de una de las criaturas, Jin Kamishina, un chico solitario de 18 años que perdió a su familia en un accidente de transbordador hace dos años, se ve envuelto en los misterios de los dragones y se convierte en el piloto elegido del Dragonaut. Ayudándole en su viaje está Toa, una misteriosa chica que lo salva de caer al vacío después de que la criatura lo ataca. A medida que profundizan en los misterios de los dragones, conocen a nuevos amigos y enemigos, y también comienzan a desarrollar una relación más estrecha.